Assim surgiram os três tipos de florestas amazônicas: as florestas montanhosas Andinas, as florestas de terra firme e as florestas fluviais alagadas, as duas últimas na Amazônia brasileira.

As flutuações climáticas do Pleistoceno se manifestaram numa sucessão repetida de climas frio-seco - quente-úmido - quente-seco. A última fase fria-seca data de 18 mil a 12 mil anos atrás, quando o clima da Amazônia era semi-árido, com temperatura média rebaixada por até 5ºC. Em seguida, houve o retorno do clima quente-úmido, que chega ao máximo em torno de 7 mil anos atrás. Desde então, e com várias oscilações de menor porte, vivemos um clima relativamente quente-seco.

Muito importante foi o fato de que durante as fases semi-áridas, a grande floresta de terra firme se encontrava dividida e fragmentada por formações vegetais abertas, do tipo cerrados, caatingas e campinaranas, todas melhor adaptadas ao clima seco. A floresta sobrevivia em "refúgios", situados nas áreas de solos mais altos e com melhor abastecimento hídrico. Ao voltar o clima mais úmido, a floresta expandiu-se novamente, em detrimento da vegetação dos cerrados. Hoje em dia, o cerrado sobrevive em seus próprios "refúgios", dentro da imensidade das matas de terra firme. Este processo flutuante vai se repetir sem dúvida, a não ser que o homem interfira na situação.

A floresta de terra firme tem inúmeras adaptações à pobreza em nutrientes dos seus solos argilosos e podzólicos. As árvores que a compõem são capazes de se abastecer com nitratos através de bactérias fixadoras de nitrogênio, que estão ligadas às suas raízes. Além disso, uma grande variedade de fungos também simbiontes das raízes, chamados micorrizas, reciclam rapidamente o material orgânico antes deste ser lixiviado. A serrapilheira (formada por folhas e outros detritos vegetais que caem ao solo) é reciclada rapidamente pela fauna rica de insetos, especialmente besouros, formigas e cupins. Os insetos constituem a maioria da biomassa animal na floresta de terra firme.

Esta floresta, especialmente rica em aráceas epífitas, é, comparada à Mata Atlântica, relativamente pobre em bromélias e orquídeas. Entre estas plantas epífitas estão as mirmecófitas, plantas que vivem em estreita simbiose com as formigas. No sub-bosque da floresta destacam-se especialmente as palmeiras e os cipós. As grandes samambaias são raras.

A macrofauna do chão da floresta é relativamente pobre. Os vários sapos e pererecas ali encontrados apresentam diversas adaptações para garantir a água necessária para o desenvolvimento dos girinos. Alguns grandes mamíferos, tais como as antas, o cateto e a queixada, assim como os mutuns e os inhambus, entre as aves do chão, merecem destaque. Perto do chão da floresta encontram-se também muitas aves "papa-formigas", que tiram proveito das enormes migrações de formigas de correição.

As aves, os morcegos e os macacos frugívoros da mata de terra firme têm um importante papel de disseminar os frutos e sementes das árvores.

As espécies e subespécies de macacos, preguiças, esquilos e outras são freqüentemente separadas pelos grandes rios tributários do rio Amazonas. As unidades biogeográficas formadas pelas bacias destes rios explicam em parte a grande bioversidade da biota amazônica. Além disso, podemos sobressaltar áreas de floresta que serviram de refúgio às várias populações diferenciadas durante os períodos de clima árido do passado, acima mencionados, quando grandes áreas de cerrado fragmentavam a Floresta Amazônica. Hoje em dia, o desmatamento descontrolado está fragmentando a floresta de terra firme. Sem os cuidados necessários, províncias faunísticas inteiras e antigos centros de especiação correm o risco de serem obliterados para sempre.

As matas banhadas pelas águas brancas costumam ser chamadas de florestas de várzea e as banhadas pelas águas pretas e claras, de florestas de igapós. A vegetação da várzea é muito mais rica do que a vegetação dos igapós, por causa da fertilidade das águas brancas e dos solos aluvionais por elas trazidos. O mesmo se constata com a fauna dos dois tipos de florestas, especialmente com a biota aquática. Os rios de água branca são ricos em peixes, enquanto os rios de água preta são "rios da fome". As áreas onde os dois tipos de águas se misturam, como a área perto de Manaus, são consideradas especialmente ricas.

As árvores das matas alagadas têm várias adaptações morfológicas e fisiológicas para viverem parcialmente submersas, como raízes respiratórias e sapopembas. As árvores são pobres em plantas epífitas e o sub-bosque praticamente inexiste. Em seu lugar existe uma rica flora herbácea, como o capim-mori, a canarana e o arroz selvagem. Na estação das enchentes, o capim se destaca e forma verdadeiras ilhas flutuantes. Outras plantas flutuantes, tais como a vitória-régia e o aguapé, também acompanham o nível das águas.

Os mamíferos das matas alagadas - antas, capivaras e outros - são todos bons nadadores. Até as preguiças são capazes de nadar. A fauna de macacos e de outros mamíferos arborícolas em geral é pobre, comparada com a fauna da terra firme. Nos rios de várzea encontram-se, porém, várias espécies de mamíferos aquáticos, como os botos, o peixe boi, a ariranha e as lontras. A fauna de primatas é muito reduzida. O vegetariano peixe boi e os botos predadores são, entretanto, muito raros nas águas pretas e claras dos igapós, pobres em vegetação aquática e pouco piscosas.

Na avifauna relativamente pobre das florestas de igapós predominam as aves aquáticas, tais como as garças, biguás, jaçanãs, mucurungos e patos.

As águas das florestas alagadas são ricas em répteis aquáticos. As tartarugas são importantes herbívoros da vegetação aquática e são muito caçadas. A tartaruga verdadeira (Podocnemis expansa) está em perigo de extinção; a cabeçuda (P. dumeriliana) e a tracajá (P.unifilis) são também muito apreciadas pelos caçadores. Os cágados Phrynops são encontrados com mais freqüência nas corredeiras. Entre os jacarés, o jacaretinga (Palaeosuchus trigonatus), gênero com uma única espécie endêmica na Amazônia, está ameaçado de extinção. O jacaré-açu (Melanosuchus niger) é o jacaré comum na área. Vários autores atribuem aos jacarés predadores um importante papel de "reguladores" na várzea. A grande jibóia amazônica merece também ser mencionada.

Na Amazônia vivem em torno de 10 mil espécies de peixes. Aqui, mencionamos apenas algumas espécies ligadas à floresta de inundação. São estas os peixes frugívoros que evoluíram em estreita co-evolução com as árvores e arbustos amazônicos: as frutas caem na água, são engolidas pelos peixes e as sementes resistentes às enzimas gástricas são transportadas para longe. Vários peixes, especialmente os da grande ordem dos Characinoidea, apresentam dentições especializadas para certos tipos de frutas. O tambaqui (Collosoma macropomum) é um comedor especialista das frutas da Hevea spruceana. Pacus, dos gêneros Mylossoma, Myleus e Broco, são também comedores importantes de frutas de palmeiras, embaúbas e outras árvores. A piranheira é uma planta preferida por algumas espécies de piranhas. A dispersão das plantas pelos peixes da várzea e dos igapós tem uma importância comparável à da dispersão clássica de sementes pelas aves e mamíferos nas florestas de terra firme. O tambaqui e os pacus, bem como o pirarucu (Arapaima gigas), são os peixes de maior importância comercial na Amazônia. Nada ilustra melhor o papel ecológico importante da frugivoria dos peixes. O tambaqui é muito procurado por pescadores turísticos.

Os peixes frugívoros constituem somente um dos tipos de peixes na várzea, mas o papel deles é particularmente importante nas águas pretas e claras. Devido à pobreza excessiva dessas águas em fito e zooplâncton, são as árvores que fornecem a maioria dos alimentos. Mesmo assim, os peixes do rio Negro são de tamanhos menores do que os seus coespecíficos no rio Solimões. Os cardumes também são menores.

A fauna de insetos é principalmente ligada à vegetação flutuante. As poucas espécies de cupins e de formigas acompanham a subida e a descida das águas ao longo dos troncos das árvores. Vários tipos de insetos vivem sobre a vegetação flutuante, enquanto nas águas criam-se enormes populações de mosquitos e outros dipterros irritantes. Os rios de água preta são isentos deste flagelo.

As matas alagadas contêm várias espécies de árvores de utilidade econômica, além de madeiras de lei. A seringueira, a sorva, a andiouba, a macaranduba, o buriti e o tiucum produzem borracha, alimentos, óleos, resinas e fibras de importância econômica. As várzeas são especialmente ricas e produtivas. Ali se encontravam as grandes concentrações indígenas e atualmente são desenvolvidos grandes projetos agro-pecuários e industriais.

Específicas dos igapós de solos arenosos e de água preta são a piranheira (Piranhea trifoliata), a oeirana (Alchornea castaniifolia), várias espécies de Inga e de Eugenia, as palmeiras Copaifera martii (copaíba) e a Leopoldinia. Algumas árvores têm grande resistência às enchentes prolongadas, tais como a Myrciaria dubia, a Eugenia inundata (araçá de igapó) e, finalmente, a Salix humboldtiana, que sobrevivem a vários anos de submersão permanente.

Muitas espécies da várzea estão ameaçadas de extinção devido ao rápido desenvolvimento das áreas urbanas, da construção de represas, da poluição com o mercúrio dos garimpos etc. A caça e a pesca desregulada na várzea já colocaram em risco a existência de vários vertebrados aquáticos de grande porte. A lista das espécies em extinção é encabeçada pelos botos, peixe boi, ariranha, tartaruga verdadeira, jacaretinga e outros. Entre os peixes ameaçados destacamos o pirarucu, o maior peixe de água doce do mundo.

A alta produtividade da várzea possibilitou uma povoação indígena densa à época da descoberta. As margens do grande rio abrigaram muitas aldeias com milhares de habitantes. A densidade populacional alcançava 14,6 pessoas por quilômetro quadrado. Os ribeirinhos cultivavam milho e mandioca no rico solo aluvional, coletavam arroz selvagem e usufruíam de pesca rica. Estes índios tinham uma organização de classes sociais e utilizavam trabalho de escravos.

Os rios de água preta, pelo contrário, considerados "rios de fome", foram historicamente pouco habitados. Porém, pela falta de dípteros molestadores, como mosquitos, borrachudos e mutucas, os novos colonizadores preferiam morar nas margens dos rios de água preta. Por um curto período, a capital da região foi para Barcelos, no médio rio Negro, mas mudou rapidamente para Manaus, perto da várzea rica em peixes. Ainda é preciso considerar que os solos férteis na Amazônia são os solos de várzea, justamente onde os grandes centros urbanos tendem a se localizar, junto com as suas bases de abastecimento.

Uma estação ecológica está situada por inteiro no ambiente dos igapós: é a Estação Ecológica Federal do arquipélago de Anavilhanas, no baixo rio Negro. Nas enchentes, o arquipélago de centenas de ilhas é praticamente submerso. O laboratório de pesquisa da Estação fica em casas flutuantes que acompanham também o nível das águas. Uma outra estação, Mamirauá, está situada na várzea, perto de Tefé. O grande centro de pesquisas da Amazônia (INPA), em Manaus, e o Museu Goeldi, em Belém, mantêm várias reservas e áreas de pesquisa nas matas de terra firme. Em Santarém encontra-se um grande centro de pesquisas piscívoras.